A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de l'Université de Rennes est un des neuf centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d'innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique

Contexte et atouts du poste

Dans le cadre d'un programme RHU (recherches hospitalo-universitaires, 5 ans) avec le CHU de Nantes : RHU eCAN

Coordonné par le CHU de Nantes, le projet de Recherche Hospitalo-Universitaire eCAN (RHU eCAN) a pour objectif de réduire l'impact global des anévrismes intracrâniens grâce à la création d'outils de santé dédiés aux radiologues, aux patients, aux experts en charge de ces patients, ainsi qu'aux autorités réglementaires. L'ambition du projet eCAN est ainsi de modifier la trajectoire des patients porteurs d'anévrisme intracrânien et d'améliorer son impact médico-économique dans les différents systèmes de santé.

L' objectif est de opérer et développer sur une infrastructure cloud dédié (Shanoir+VIP) au stockage et traitement des images médicales.

Shanoir (SHAring iN vivO Imaging Resources) est une plateforme web qui permet le partage d'images médicales in-vivo, avec leurs métadonnées, pour la recherche clinique et préclinique. L'origine du logiciel est la neuroimagerie, mais la plateforme est aujourd'hui parfaitement utilisable pour tous types d'organes et de pathologies. Shanoir permet l'import de données "brutes" issues des différentes méthodes d'acquisition : DICOM (MR, CT, PT, NM), Bruker (préclinique), EEG (EDF + BrainVision) et données "traitées" : NIfTI. Shanoir-NG est une application web "cloud native" développé avec Angular, Spring Boot 3 et Docker.

VIP est une plateform web pour le traitement des images. En collaboration avec l'équipe VIP (Creatis, CNRS, Lyon), Shanoir et VIP sont utiliser pour stocker et traiter les images en binom.

Mission confiée

Missions : Avec l'aide d'équipe des developpeurs Shanoir, la personne recrutée sera amenée à opérer des traitments en masse et à developper dans Shanoir.

Principales activités

Principales activités de développement logiciel :

• Acquérir une compréhension de Shanoir, de sa structure de code et de son modèle de données
• Effectuer divers traitements de masse sur les données dans Shanoir au sein de VIP
  • Exécuter des scripts d'exécution de masse en Python et les surveiller/déboguer,
    en se basant sur l'interface REST de Shanoir et les scripts existants
  • Aider à l'intégration des images Docker dans VIP
  • Développer l'intégration de diverses entrées et sorties de pipelines de traitement
  • Agréger les résultats de traitement en fonction des besoins scientifiques
• Travailler sur l'interopérabilité avec cleanWeb, eCRF
• Implémentation, test et déploiement en production
  • Notre serveur de production est disponible sur https://shanoir.irisa.fr
  • L'objectif est de déployer en production les extensions développées,
    pour partager des données au-delà de FLI-IAM (voir dans " contexte plus large ")

Activités complémentaires :

• Tester, modifier jusqu'à valider les nouvelles fonctionalités
• Rédiger la documentation sur GitHub
• Participer à la roadmap de Shanoir
• En fonction d'experience
  • Gestion de projet
  • Interaction avec les partners de RHU

Compétences

Diplômes scientifiques et competences techniques :
- Formation supérieure en informatique (université ou grande école), spécialisée en développement logiciel
- 1 à 2 ans d'expérience en développement logiciel
- Bonne connaissance de Java/Jakarta Enterprise et Python pour la programmation Web
- Connaissance en Docker
- Bonne capacité en anglais technique et scientifique et en pratique orale
- Bonus :
Connaissances dans le domaine de l'imagerie médicale et du traitement d'images

Avantages

• Prise en charge partielle des frais de transport en commun sur le trajet domicile-travail ou
  FMD.
• Restauration subventionnée
• Prise en charge partielle des frais de mutuelle
• Possibilité de télétravail (à hauteur de 90 jours annuels) et d'aménagement du temps de travail

Rémunération

Rémunération mensuelle brute à partir de 2695 euros selon diplôme et expérience