A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d'innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique.

Contexte et atouts du poste

L'objectif du stage est de développer un application web dédiée à l'hébergement et au partage des outils d'analyse d'images pour la biologie.

Equipe projet Sairpico

Le projet se déroulera au sein de l'équipe Sairpico, spécialisée dans le développement de méthodes innovantes pour la restauration et la reconstruction d'images de microscopie, l'analyse de mouvement et le calcul de trajectoires de molécules dans l'imagerie de cellules vivantes, et l'estimation de paramètres biophysiques.

L'analyse d'images en biologie

La communauté de biologistes et d'analystes d'images de microscopie utilise de nombreux composants logiciels pour extraire et quantifier l'information nécessaire à ses expérimentations (débruitage, détection de particules, segmentation, tracking, etc.). Ces outils très divers sont développés dans différents langages de programmation, nécessitent souvent des environnements logiciels spécifiques, et ne sont pas facilement accessibles sur une plateforme centralisée. Sans organisation rigoureuse, la gestion et l'analyse d'image en biologie ne respectent pas les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reproductible) qui établissent que les données doivent être facilement trouvables, accessibles, interopérables et reproductibles.

BioImageIT est une application intégrant la gestion de données avec l'analyse d'images dans une solution unique. Ce gestionnaire de workflow permet de grandement simplifier les processus d'installation de composants logiciels, la gestion des dépendances et des environnements logiciels, la structuration des métadonnées et l'exécution des outils de traitement sur clusters de calcul. Les analystes peuvent ainsi créer leurs chaînes de traitement et les exécuter pour mener à bien leurs expérimentations.

Afin de favoriser l'échange et la reproductibilité des composants logiciels, la communauté d'analystes en biologie à besoin d'une plateforme web qui héberge les outils nécessaires à leur travaux. Cela comprend aussi bien les logiciels spécifiques à chaque étape de traitement que les workflows entiers, qu'ils soient au format BioImageIT ou sous forme de notebook Jupyter.

Mission confiée

Missions Avec l'aide de l'ingénieur de recherche Arthur Masson et plus largement de l'équipe Sairpico, la personne recrutée sera amenée à développer une solution web pour faciliter l'accessibilité et le partage d'outils de traitement d'image dans la communauté d'analyste en microscopie pour la biologie.

Collaboration La personne recrutée sera en lien avec FBI Data, l'équipe de gestion de données de France-BioImaging .

Responsabilités La personne recrutée sera chargée du développement logiciel et du déploiement de la plateforme et prendra des initiatives pour concevoir un outil adapté aux besoins de la communauté d'analystes en microscopie.

Principales activités

Principales activités :

• Analyser les besoins de la communauté d'analystes d'images en microscopie, notamment avec les groupes France BioImaging FBI Data et FBIAS
• Analyser les plateformes de partage existantes (Knime Hub, nf-core, bioconda, etc.), puis définir les spécifications de la plateforme
• Etudier les solutions de développement web (Next.js, etc) pour faire des choix technologiques pertinents
• Implémenter les tests unitaires et fonctionnels répondant aux spécifications
• Développer et déployer une plateforme web répondant aux objectifs fixés

Activités complémentaires :

• Rédiger la documentation de la plateforme
• (optionnel) Animer la communauté d'utilisateurs
• (optionnel) Présenter l'avancée des travaux aux partenaires

Compétences

Compétences techniques et niveau requis :

Développement web fullstack avec un ou plusieurs framework web ; maîtrise de git ; capacité à écrire du code clair, documenté et testé.

Compétences additionnelles appréciées :

Être à l'écoute, être force de proposition, savoir être autonome, savoir planifier et mener à bien un projet.

Avantages

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein)
• Possibilité de télétravail (90 jours / an) et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)